药品是医院重要的经济收入来源。CHIS采用先进的科学管理模式，对医院购、用、制、管的分布于药库、各药房和制剂室等各个部门的西药、中成药、中草药、制剂和化学试剂等药品的物流和相应的财流进行管理。能够有效地防止药品过期、流失、浪费等现象，并且能大大减少药库，药房工作人员结帐、盘点、统计的工作量。

药库管理子系统主要功能：对西药库房药品的入库、出库进行及时登记；对药品诸如使用期限、毒麻标志、自费标志、各种价格等属性进行维护；对药库库存数量进行实时管理；对各种临缺药品提示报警，并自动编制进药计划。

药品会计事务管理子系统主要功能：存在于药品流通的各个环节，根据药品在院内的实务流，对药品费用的使用情况进行统计汇总；制作会计凭证，计算药品利润差，控制药品金额使用